Un poco de ciencia de base

Con el fin de asomarme a los procesos biológicos relacionados con la genética, pedí asistencia a quienes conocen del tema, que me recomendaron varias lecturas entre las que se encuentran artículos de Stephen Jay Gould e “Introduction to Genetic Analysys” de Griffiths, Wessler, Lewontin, y Carroll:

GriffithsSu lectura (y re-lectura) ha sido muy amena, lamento no tener más conocimientos de química orgánica, ya que los hubiese aprovechado para ir un poco más allá de mi intención original. La recomiendo.

En cuanto a la relación con algoritmos genéticos, no sólo pude determinar ciertas analogías obvias (y otras no tanto) sino también:

  • Establecer en qué puntos el modelo evolutivo de la computación es un “toy model” de la genética.
  • Comprender los procesos de mutación a nivel de nucleótidos y también a nivel de cromosomas “enteros”.
  • Explorar qué procesos hay de intercambio de información genética entre células (no sólo existe el crossover que utilizamos en GA!)
  • Entender la mecánica de la copia de material genético.
  • Distinguir claramente el genotipo del fenotipo (no somos muy buenos en GA haciendo eso! Bah… Por lo menos yo no era muy bueno…) y verificar que no es trivial determinar que un rasgo de una población tenga una causa directa en el genotipo, sino que el entorno tiene una gran influencia.
  • Verificar que la matemática aplicable a esta rama de la biología es esencialmente la matemática discreta, claro está, que en el análisis genético se utiliza mucha estadística (y, en particular, en el laboratorio mucha distribución \chi ^2!)
  • Explorar ese “CRC avant la lettre” que es el proceso de corrección de errores.
  • Estudiar el experimento de Mendel y verificar que los algoritmos genéticos verifican sus principios.

En las próximas entradas voy a transcribir algunas notas que tomé durante esta lectura en relación con los algoritmos genéticos y en particular, con el procesamiento paralelo.

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